口腔常在微生物叢解析センター マイクロバイオーム細菌叢解析

 

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谷口歯科医院

 

 

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コロニーダイレクトPCR&16S全長シーケンス サービス

 

超ロングリードのシーケンスを可能にしたナノポアシーケンサーを使うと、細菌種同定に用いられている16SrDNAの全長をシーケンスできます。

サンガー法に比較すると塩基の精度では劣りますが、完全に分離されていないコロニーからでもクローニング不要でシーケンスデータが得られるという利点があり、分離が困難なコロニーの把握に適しています。

真菌も解析可能ですが、少し条件がありますのでご相談ください。

サービスの内容

 

コロニー懸濁液か抽出DNAをお送りいいただければ、16SrDNAの全長をPCRで増幅し、ナノポアシーケンサーでシーケンスします。得られた塩基配列をデータベースと照合し、その結果をお返しします。コロニーを構成している菌種を調べることができます。

96検体の場合は、プライマーミックスをお送りしますのでPCRまでは実施をお願いします。

 

本サービスのメリット

・完全に分離できていないコロニーからでもシーケンスが可能!!

 分離困難なコロニーやコンタミしているコロニーでも、シーケンスが可能です。

・クローニングなどの面倒な作業が不要!!

 コロニーからのダイレクトPCR産物を用いて、シーケンスが可能です。精製やクローニングなど煩雑な作用が不要なため、時間とコストの削減につながります。

・1コロニーから960以上のコロニーのシーケンスが可能!!

 独自に開発したインデックスプライマーによって、1シーケンスで960以上のコロニーに対応可能です。
 より稀少な細菌種や未知種の探索のために有利なサービスです。
 インデックス数はまだまだ増やせますので、ご相談ください。

 

作業の概要と流れ

受け入れる検体
 ・コロニーの懸濁液あるいは抽出済みDNA溶液
    ※感染性が疑われる検体に由来するコロニーの場合は、必ずDNAを抽出してください。
    ※ コロニーの懸濁液やDNA抽出液は返却できません。

 ・指定のプライマーでPCRを行った増幅断片
   特に96well単位で実施するHTサービスでは、指定のプライマーをご提供しますので
   PCRを実施した後、お送りください。
   こちらでは電気泳動による確認は必要時以外実施しておりません。、

 

納品物

  得られた塩基配列は相同性検索を実施し、検索結果と塩基配列をお返しいたします。

 

作業の流れ(HTサービスの場合)

 1. 解析に用いるプライマーのMIXをお送りします。

 2. 96wellプレートを用いてPCRを行ってください。

 3. 必要に応じて、電気泳動による確認を行ってください。

 4. 96wellプレートを解析センターにお送りください。

 5. 精製とインデックスの付与、ライブラリーの調整を行います。

 6. ナノポアシーケンサーによるシーケンスを実施します。

 7. シーケンスデータの相同性検索を実施します。

 8. 相同性検索の結果と塩基配列をお送りします。

 9. 検索結果をもとに菌種をご判断ください。

 ※コロニーからのご依頼の場合は、コロニーを滅菌水に懸濁したものをお送りください。
  コンタミが生じないように厳密にシールをお願いします。

取得リード数 

  1コロニーにつき1000リード程度
  解析時間の短縮を目的に、一部のリードのみを相同性検索に用います。
  PCRで増幅が見られない・弱いコロニーの場合は十分なリードが得られない場合があります。

納期

  到着後1週間程度。特にお急ぎの場合はご相談ください。
  スケジュールがあらかじめ確保できていれば、到着後、最短で12時間程度で結果を報告できます。

解析費用(税別)        

●コロニーシーケンスダイレクト S・・・コロニー1つ単位で実施します
  1コロニーにつき2万円 (コロニー懸濁液あるいはDNAを受け入れた場合※)
  12コロニーで12万円 (コロニー懸濁液あるいはDNAを受け入れた場合※)

●コロニーシーケンスダイレクト HT・・・96wellプレート単位で実施します。
  プライマーmixをお送りしますので、PCRを実施し、PCR増幅産物をお送りください。
   PCR産物の精製とインデックスを付与し、シーケンスと相同性検索を実施します。  
  1プレートで27万円 (PCR産物の受け入れた場合)
    スタートアップキャンペーン
     2018年12月末まで、税別198,000円(1コロニー約2000円)

いずれのサービスも複数単位のお申し込みの場合は割り引きあります。

解析費用は 変更する場合もあります。

 

作業には最大限の注意を払って行いますが、使用器具や環境、試薬に由来するコンタミネーションが起こる可能性があります。またナノポアシーケンサー塩基の正確性はサンガー法にはまだかなわないこととノイズが混ざることがあることをご理解ください。

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