ナノポアシーケンサーによる
メタ16S全長シーケンス受託サービス
ロングリードシークエンサーで１６SｒDNAの全長をシークエンスすることで、
いままでの種レベルの評価が難しかった細菌種を評価できるようになりました！！
MiseqとGridIONの両方を所有し、目的に合わせて最適な解析手法をご提案いたします！
最長で600bp弱程度のシーケンスが可能なMiSeqでは、V3-V4領域やV4領域などの一部の領域をシーケンおりました。短い領域では、他の細菌種と区別できないこともあり、種レベルの評価が難しく、属レベルの解析となっていました。
ロングリードのシーケンスを可能にしたNanoporeテクノロジーは、16Sの全長をシーケンスすることが可能となり、種レベルでの評価ができるようになりました。
MiSeqとGridIONとでは一長一短があります。
●シーケンスの正確性を重視し、希少種をしっかり評価したい → MiSeq
ただし種レベルの評価が難しい場合がある、既報の論文が多く、二次解析のツールも揃っている。
■細菌叢全体の傾向を把握、種レベルの正確性を重視 → GridION
ただし希少種の評価は難しい。また解析手法がまだ確立できておらず、二次解析が難しい場合がある。
MiSeqとNanoporeシーケンサとのデータの比較
解析原理・手法の違い、データベースの違いにより、菌種名の違いなどはありますが、全体的には同じような傾向のデータが得られていています。
ナノポアシーケンサーは以前に比べるとシーケンスの精度が大幅に向上してはいますが、イルミナシーケンサー（MiSeq)に比べるとまだ低いのが現状です。
そのため、現時点では、希少種（割合の少ない種）はシーケンスのエラー（ノイズ）かどうかの判定が難しい可能性があります。ご依頼者様の責任において結果をご利用ください。
解析費用と納期
抽出済みDNAからライブラリー調整、シーケンス、種レベルの解析までの費用の目安（税別）
12検体･･･30万円 、 24検体･･･50万円、 24～96検体以上はご相談ください。
総データ量：100万～500万リード 程度 で応相談。
納期：１～2週間程度
DNA抽出は、1検体あたり3000-5000円（抽出プロトコールによる）で実施します。詳しくはこちらのページをご覧ください。
納品物
作業内容報告書
シーケンスの生データ
相同性検索の結果
門～種レベルの細菌組成テーブル
コロニーダイレクトシーケンスサービス
最大で384サンプルのコロニーシーケンスを実施します。サンガー法だと、完全に分離できていないとシーケンス結果が得られませんでしたが、完全に分離できていないコロニーからでもシーケンスが可能です。
専用のプライマーを提供しますので、96wellのプレートでそれぞれのコロニーをPCR増幅し、お送りください。
解析センターにて精製と、必要なインデックスを付与して、16S全長シーケンスを実施します。
得られたシーケンス配列とその相同性検索結果をお送りします。
注意事項
・作業には細心の注意を払ってあたりますが、試薬や消耗品等に起因する避けられないコンタミが生じる可能性があります。
・DNA量が少ない場合、解析が難しいことがあります。また、コンタミネーションの影響を強く受ける可能性があります。
。MiSeqに対して、Nanoporeでの16S解析はまだ解析手法が確立されておらず、今後の進展により大きく変わる可能性があります。
・特に稀少・貴重な検体の場合は、作業のリスクについて同意をいただいた上でご依頼ください。
・本サービスは研究用です。臨床診断の用途には用いられません。
・感染性が疑われる検体はお受けできません。
お問い合わせ・お申し込み
谷口歯科医院 口腔常在微生物叢解析センター 谷口誠
メール：micro@tani8020.jp
TEL：087-831-8020 不在・診療中の際は対応できない場合があります。
メールでも24時間以内にお返事いたします。
メールの返信がない場合は届いていない場合がありますのでお電話でご連絡をお願いします。