コロニーダイレクトPCR＆16S全長シーケンス サービス
超ロングリードのシーケンスを可能にしたナノポアシーケンサーを使って、細菌種同定に用いられている16SrDNAの全長をシーケンスできます。
完全に分離されていないコロニーからでもクローニング不要でシーケンスデータが得られるという利点があり、分離が困難なコロニーの把握に適しています。
真菌も解析可能ですが、少し条件がありますのでご相談ください。
サービスの内容
１６Sの全長をシーケンスし、得られた塩基配列の相同性検索結果を最短納期でお返しします。検査・判定のサービスではございません。
この技術は、プラスミドに挿入したインサートチェック、遺伝子タイピング、MALSTなどに幅広く応用できます。詳しくはこちらへ。
Sサービス
ピックアップしたコロニー懸濁液をお送りください。DNA抽出後、16S全長のPCRとライブラリー調整、シーケンスと解析を実施します。
HTサービス
96wellプレート単位で実施します。PCRまでを実施していただき、PCR産物をお送りください。 ライブラリー調整、シーケンスと解析を実施します。
本サービスのメリット
完全に分離できていないコロニーからでもシーケンスが可能!!
サンガー法では不可能だった、分離困難なコロニーやコンタミしているコロニーでも、シーケンスが可能です。
クローニングなどの面倒な作業が不要!!
コロニーからのダイレクトPCR産物を用いて、シーケンスが可能です。精製やクローニングなど煩雑な作用が不要なため、時間とコストの削減につながります。
1コロニーから960以上のコロニーのシーケンスが可能!!
独自に開発したインデックスプライマーによって、1シーケンスで960以上のコロニーに対応可能です。
より稀少な細菌種や未知種の探索のために有利なサービスです。
インデックス数はまだまだ増やせますので、ご相談ください。
作業の概要と流れ
受け入れる検体
コロニーの懸濁液あるいは抽出済みDNA溶液（Sサービス）
※感染性が疑われる検体に由来するコロニーの場合は、必ずDNAを抽出してください。
※ コロニーの懸濁液やDNA抽出液は返却できません。
指定のプライマーでPCRを行った増幅断片（HTサービス）
特に96well単位で実施するHTサービスでは、指定のプライマーをご提供しますので
PCRを実施した後、お送りください。
こちらでは電気泳動による確認は必要時以外実施しておりません。
納品物
得られた塩基配列は相同性検索を実施し、検索結果と塩基配列をお返しいたします。
作業の流れ(HTサービスの場合）
1. 解析に用いるプライマーのMIXをお送りします。※
2. 96wellプレートを用いてPCRを行ってください。※
3. 必要に応じて、電気泳動による確認を行ってください。※
4. 96wellプレートを解析センターにお送りください。※
5. 精製とインデックスの付与、ライブラリーの調整を行います。
6. ナノポアシーケンサーによるシーケンスを実施します。
7. シーケンスデータの相同性検索を実施します。
8. 相同性検索の結果と塩基配列をお送りします。
9. 検索結果をもとに菌種をご判断ください。
※コロニーからのご依頼の場合は、コロニーを滅菌水に懸濁したものをお送りください。
コンタミが生じないように厳密にシールをお願いします。
取得リード数
1コロニーにつき1000リード程度
解析時間の短縮を目的に、取得リードの一部を相同性検索に用います。
PCRで増幅が見られない・弱いコロニーの場合は十分なリードが得られない場合があります。
納期
到着後１週間程度。特にお急ぎの場合はご相談ください。
スケジュールがあらかじめ確保できていれば、到着後、最短で12時間程度で結果を報告できます。
コロニーシーケンスダイレクト S・・・コロニー１つ単位で実施します
1コロニーにつき3万円 （コロニー懸濁液あるいはDNAを受け入れた場合※）
12コロニーで6万円 （コロニー懸濁液あるいはDNAを受け入れた場合※）
24コロニーで10万円 （コロニー懸濁液あるいはDNAを受け入れた場合※）コロニーシーケンスダイレクト HT・・・96wellプレート単位で実施します。
プライマーmixをお送りしますので、PCRを実施し、PCR増幅産物をお送りください。
PCR産物の精製とインデックスを付与し、シーケンスと相同性検索を実施します。1プレート 8万円 (96コロニー以内）
4プレート 16万円 (384コロニー以内）
いずれのサービスも複数単位のお申し込みの場合は割り引きあります。
解析費用は 変更する場合もあります。
注意事項
作業には最大限の注意を払って行いますが、使用器具や環境、試薬に由来するコンタミネーションが起こる可能性があります。またナノポアシーケンサー塩基の正確性はサンガー法にはまだかなわないこととノイズが混ざることがあることをご理解ください。
