口腔常在微生物叢解析センターお知らせ・キャンペーン

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RNA-seqの受託解析

RNAシーケンス(遺伝子発現解析)が初めての方でもご安心ください。親切・丁寧に、データ解析まで責任もって対応します。お気軽にご相談ください。

・DNBSEQ(旧称MGIseq)はMGI社が開発した新しい次世代シーケンサーです。
低コストで大容量のシーケンスが可能です。
・安心の国内でのシーケンスです。短い納期で対応できます。

De novo RNA-seq(de novo transcriptome解析)もお任せください。
実績が豊富なイルミナシーケンサーでの解析も実施できます。

 

 

DNBseq(MGIseq

解析センターのRNAシークエンスサービスの特徴

RNAを受け入れて、ライブラリー調整とシーケンスを実施し、Fastqを納品いたします。

必要に応じてデータ解析も実施します。経験豊富なインフォマティシャンが対応します。

RNAシーケンスが始めての方もお気軽にご相談ください。対象生物、研究目的あったプランをご提案します。

解析センター内でライブラリー調整、シーケンス、データ解析まで全ての工程を責任もって対応します。

データ解析は経験豊富なインフォマティシャンが対応します。安心してご依頼ください。

他のバイオ系受託会社さん・バイオベンチャーさんにもシーケンスデータを低価格で提供します。

 

 

解析内容

受け入れサンプル

  植物、昆虫、真菌、細菌、マウス等のRNA ※ヒトのサンプルの場合は、倫理委員会の承認を得たうえで、匿名化してください。

  50ng/ulの濃度で1ugをご用意ください。 (最低量 500ng)

RNAの分解がないこと・DNAのコンタミがないこと
RIN値 7以上を推奨 (データ解析をご依頼いただける場合は、RIN値8以上を推奨します

上記に満たない場合はご相談ください。

※RNAの抽出も実施できます。

RNAの分解が進んでいるサンプルについて
 RNAの分解が進んでいる場合、PolyAによるmRNA精製にバイアスがかかる可能性があります。
 rRNAの除去を行い、リード数を2倍程度に増やすことで対応可能です。(条件付での実施になります)

納品物

作業報告書
生のシーケンスデータ(Fastqファイル)
データ解析結果(実施時のみ)

作業内容と費用

  1検体2~5万円+税 (検体数・データ量によります。以下の内容が含まれます)

1.RNAの品質確認・定量を行います。
2.ライブラリー調整を行います。(mRNAの精製・ランダムプライマーによる逆転写)
3.DNBSEQで次世代シークエンスを行います。(150bpx2で3~5Gb)
4.Fastqファイルをお返しします。データ解析が必要な場合はご相談ください。

Directional(ストランド情報を取得)する方法も選択できます。(+3000円)

 

解析結果はHDD,USBメモリ等に入れて郵便で納品します。追加の費用は必要ありません。

 

解析オプション

・RNAの濃縮

・DNAase処理  

・RNA抽出   1検体1万円+税(抽出方法やサンプルにより異なります)

・rRNAの除去  1検体1万円+税(rRNA除去方法により異なります)

・mRNAの精製 ご希望のキットによっては差額が必要になります。

・データ解析  1回の解析で3~50万円+税(サンプル数・解析内容により対応します)

上記で使用して欲しいキット・手法があればご相談ください。 数量割引あります。

 

RNAシーケンス・データ解析

研究の目的・内容に応じて解析を実施します。RNAseqに経験豊富なインフォマティシャンが親切・丁寧に対応します。
簡単なものから論文に使える図表まで、幅広くご要望に応じてサポートします。参考論文があればご提示ください。

基本的には2群比較となります。

下記に無い解析をご希望の場合は、参考論文とともにご連絡ください。対応できるか検討します。

モデル生物の場合は、事前に生物名をご連絡ください。

すでに取得済みのFastqのデータ解析もお任せください。

既存のデータベースから遠い生物種の場合は、アセンブルしてアノテーションを行い、定量していきます。
De novo RNA-seq(de novotranscriptome解析)もお気軽にご相談ください。


主に対応できるデータ解析(必要な解析をご相談ください)

・リードQC・クリーニング
・マッピング とリードカウント
・FPKM値/TPM値の算出
・相関分析
・主成分分析
・階層的クラスタリング
・ヒートマップ描画
・群間比較解析
 -発現変動遺伝子解析(DEG)
 -GeneOntology解析 (GO解析)
 -パスウェイ解析

その他の解析(別途お見積もりとなります)
 ・GSEA解析
 ・スプライシング解析
 ・融合遺伝子解析  ※事前にご相談ください。
 ・Transcript SNP解析
 ・De novo RNA-seq

 

解析の一例
発現変動transcriptsの可視化ヒートマップ

発現変動transcriptsの可視化ヒートマップ

発現変動transcriptsのGOエンリッチメント

発現変動transcriptsのGOエンリッチメント

共発現transcriptsの可視化(発現ネットワーク図)

発現ネットワーク図

 

納期

Fatqまでの場合 1-2か月 ※お急ぎの場合は最短2週間で対応できます。(データ量・検体数に応じて別途お見積もり)

データ解析まで 2-4か月

注意事項

   詳細はお問い合わせください。最善の方法をご提案いたします。
   DNBSEQがはじめて不安の方はお気軽にご相談ください。試しにシーケンスすることもできます。

 

お見積もり・お問い合わせ

RNAseqに関するお見積もり依頼はRNAseq用フォームをご利用下さい。