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ショットガンメタゲノム解析(フルメタゲノム解析)

細菌叢を構成する菌の種類を調べるメタ16S解析に対して、細菌叢の機能組成を調べるのがショットガンメタゲノム解析です。

マーカー遺伝子である16SrDNAだけをシーケンスするメタ16S解析に対して、ランダムに大量のシーケンスを行うため費用はかかりますが

メタ16S解析では解明できなかった細菌叢の機能組成を調べることができます。

MiSeqだけでなくデータ量に応じてHiSeqやNextSeq,そしてNovaSeqを用いて解析を実施します。

 

 

イルミナのショートリードによる解析

  データ量・検体数が少ない場合はMiSeqでシーケンスします。

  データ量や検体数が多い場合には、HiSeq、NextSeq、NovaSeqを使ってシーケンスを実施します。

 

作業内容

 DNAのお預かり  ※DNAの抽出はオプションで実施

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 サンプルのQC

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 ライブラリー調整  Nextera XT Flexを使用。変更可能です。

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 ライブラリーQC

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 qMiSeqをかねた予備ラン  ※HiSeq等でシーケンスする場合に実施。ライブラリー間の相対濃度を確認します。

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 HiSeq等でのシーケンスを依頼

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 必要に応じてデータ解析

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 納品(解析結果、Fastqファイル一式)

 

 

お急ぎで無い場合は、キャンペーンで

    1検体 5万円:5Gb程度、8万円:10Gb程度。Nextera Flex キットでのライブラリー調整とシーケンスまでの実施。

    データ解析費用 +5~10万円(1検体)

  いずれもボリュームディスカウントがあります。ご相談ください。 納期は2-4ヶ月程度お考えください。

 

お急ぎの場合は、単独解析で

   価格はご相談ください。検体数とデータ量、納期とをご相談ください。 

     10検体で約100Gbで、130万円~(シーケンスまで)

     4検体で約40Gbで、60万円~(シーケンスまで)

   データ解析は応相談です。NextSeq,HiSeq、NovaSeq等最適なシーケンサーを選択して解析をご提案します。
    (他にあいのりでシーケンスできる案件が出ている場合には、より上位のシーケンサーを使用して、特価をお出しします)

 

 

ナノポアによるロングリードによる解析

  フローセル1枚 約10Gb  20万円

  データ解析費用 10万円 (データ解析につきましては相談の上で進めていきます)

  

 

データ解析

専門のインフォマティシャンと連携して解析を実施します。

さらに高度な研究・高速のデータ処理をご希望の場合には、データ解析の専門会社などの紹介も可能です。