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細菌叢解析の受託

次世代シーケンサーを用いて、生息する細菌の種類や機能を網羅的に調べるのが細菌叢解析です。

マウスやヒトなどの口腔、腸内、皮膚、子宮内膜・膣のみならず、土壌や海水、魚類の腸内細菌叢などの解析経験があります。

よく実施されるのはMiseqを使ったV3-V4領域・V4領域の解析です。

糞便や唾液からのDNAの抽出もお任せください。

 

細菌叢解析の流れ

 

細菌叢解析の種類

メタ16S解析(アンプリコンシーケンス)

細菌の種類の判定に用いられる16SrDNAのみをPCRで増幅し、deepにシーケンスすることで細菌叢を構成する種類を網羅的に調べる方法です。

比較的安価で、解析手法やツールがある程度確立しています。

 

16S全長シーケンスの模式図

 

V3-V4領域、V4領域、V1-V2領域等のシーケンス(MiSeq)

シーケンスの正確性を重視

希少種をしっかり評価したい

既報の論文が多く、二次解析のツールも揃っている

種レベルの評価が難しい場合があるが、現時点では確実性が高い

詳しくは、MiSeqメタ16S解析(一般に広く行われている解析です)

 

16S全長のシーケンス(ナノポア)

細菌叢全体の傾向を迅速に把握する

種レベルの正確性を重視

エラー率が若干高いため、区別が難しい種もあります。

解析手法がまだ確立できておらず、二次解析が難しい場合がある。 

詳しくは、16S全長シーケンス

 

 

 

フルメタゲノム解析(ショットガンメタゲノム解析)

細菌叢から抽出したメタゲノムをランダムにdeepシーケンスを行い、細菌叢全体が持つ"機能”を調べる方法です。

また細菌の種類や薬剤耐性遺伝子などを調べることもできます。

インフォマティクス解析は解析の専門家に依頼したり、または解析の専門家をご紹介できます。

イルミナシーケンサーを使ったショットガンメタゲノム、ナノポアを使ったショットガンメタゲノム、両方に対応しています。
検体数が多く大量のデータが必要な際には、HiSeq、NovaSeqなどでのシーケンスを依頼することもできます。

 

詳しくは、ショットガンメタゲノム解析

 

糞便・唾液からの細菌DNA抽出

細菌叢解析に最適な方法で1検体からDNA抽出を行います。

     詳しくは、DNA抽出サービス