口腔常在微生物叢解析センター マイクロバイオーム細菌叢解析

 

一般の方からのサンプル受付
MetaDentProject

谷口歯科医院

 

 

micro@tani8020.jp
香川県高松市常磐町2-3-35 087-831-8020 

MiSeqレンタルラボ&次世代シークエンス受託

MiSeqは最大で300bp x 2という比較的長い配列を読める次世代シーケンサーで、
腸内細菌叢など細菌叢解析を中心に世界的に利用されています。
当センターはMiSeqおよび周辺機器をラボスペースという形で提供しています。

谷口歯科医院のMiSeq(イルミナ社)・MiSeqを使いたいけど購入する程の使用頻度ではない
・大量にサンプルがあって、ライブラリーは自分で調整できる
・まるまる外注するのは高い

以上に該当する方は、ぜひ当センターのMiSeqのご利用をご検討ください。

MiSeqレンタルラボ

MiSeqレンタルラボサービス

当センターのMiSeqを立会いの下で操作し、次世代シークエンスを行っていただけます。
解析サンプル(ライブラリー調整済み)と、シーケンス反応試薬一式をご持参下さい。

※シーケンス試薬の購入が困難な場合は、定価で提供可能です。(6~30万円)。常時複数の在庫を用意していますが、提供可能な試薬の在庫が無い場合は、納入に1ヶ月ほどかかりますので、予めご確認下さい。

使用料

1Runにつき10~20万円。※年間の複数回利用で割引します。
PhiX・プラスチック器具などシーケンスに必要な物、メインテナンス洗浄に必要な試薬はご提供します。

注意事項
ランは自己責任でお願いします。
・クラスターの過形成やアダプターの不良などによる失敗は責任持てません。
・MiSeqの不具合・試薬の不良による失敗はイルミナ社の保守対応となります。
・地震、雷、火事などに起因する失敗は不運だったとしてあきらめて下さい。

利用にあたり、同意書等を提出していただきます。詳細はお問い合わせください。

Miseqの空きについてはその都度、ご相談下さい。学会参加、長期休暇や土日、祝日を挟むような場合は対応できない場合もあります。必ず前もって予定をご相談下さい。

次世代シークエンスの受託解析

ライブラリー調整済みのサンプルの、シーケンス取得のみを実施します。
他のバイオ系受託会社さん・バイオベンチャーさんにもシーケンスデータを提供します。
お気軽にご相談ください。

解析内容

・受け入れサンプル
    ライブラリー調整済みのサンプル(4 nM あるいは6 nM)
    2~3本(1本あたり15ul以上)に分注して、お送り下さい。

基本的には「変性・希釈」を行うだけでランできる状態のものを送ってください。

・納品物
    生のシーケンスデータ(Fastqファイル)USBメモリ・DVD-R等で納品します。
    MiseqReporterの解析結果(対応アプリケーションがある場合)

作業内容

1.ライブラリーの品質確認・定量を行います。(デジタルPCRやQubitを使用)
2.MiSeq次世代シークエンスを行います。(24-48時間程度)
3.Fastqファイルをお返しします。


受託費用

・15-40万円ほど。使用するシーケンス試薬(リード長とリード数)によります。
・シーケンス試薬を支給される場合は、5-10万円でシーケンスを実施。

納期

サンプル到着後、1-2週間程度。MiSeqの混雑状況によります。
事前にシーケンス試薬の在庫・MiSeq稼働の状況等をお問い合わせください。

注意事項

   詳細はお問い合わせください。最善の方法をご提案いたします。

・他のサンプルと混ぜて解析することはありません。
・クラスターの過形成やアダプターの不良などによる失敗は責任持てません。
・使用するインデックスタグの配列は事前にお問い合わせください。
・データ量やシーケンス品質は、調整したライブラリーによりますので保証はできません。

 

あいのりMiSeqシーケンス

V3-V4領域、あるいはV4領域のシーケンスであれば、あいのりでのシーケンスを受け付けています。
ご自身で、16S領域のPCR、インデックスPCRを実施し、定量・Mixしたサンプルをお送りください。
同一領域をシーケンスする際に一緒にシーケンスしますので、 少しお得にシーケンスが可能です。

リード数:100万リード~500万リード(目安)で応相談です。
シーケンス費用はその時のランの状況により変わりますのでお問い合わせください。

Miseqの試薬

次世代シークエンスには、サンプル・ライブラリー調整用試薬とシーケンス反応試薬が必要です。

・サンプル調整用試薬(サンプル調整、ライブラリ作成に必要な試薬)
 Nexteraシリーズ (NexteraXTは在庫がありますので、少量を分けて欲しい方はご相談下さい。)
 TruSeqシリーズ
 TruSightシリーズ

・シーケンス反応試薬(次世代シークエンスに必要な試薬)
 MiSeq Reagent Kits v3 2500万クラスター 600サイクル 50サイクル
 MiSeq Reagent Kits v2 1500万クラスター 300サイクル 500サイクル
             400万、100万クラスター
 

イルミナ社試薬キットのページ

ライブラリーの調整が難しい場合は、ご相談下さい。目的に応じたバイオ受託会社さんをご紹介します。

・シーケンス試薬の納入に1か月ほどを要します。お急ぎの場合は前もってご相談ください。

 

その他、設備

当センターが所有する以下の機器の使用もできます。別途お見積り。
・デジタルPCR(サーモフィッシャー)
・リアルタイムPCR(サーモフィッシャー StepOnePlus)
・Qubit2.0 (サーモフィッシャー)
・LabChipGX Touch HT 全自動電気泳動装置(パーキンエルマー)
   最大384サンプルの電気泳動を全自動で行う装置です。多検体の電気
   泳動にお困りの方はぜひご相談下さい。
・安全キャビネット、インキュベータ、オートクレーブなど
・-80℃超低温冷凍庫、-30℃冷凍庫など。
   サンプルや試薬の一時保管に対応しています。
・ビーズ破砕装置(MM-400)
・その他、基本的な実験器具・設備

 

(C)谷口歯科医院・口腔常在微生物叢解析センター・クリニカルメタゲノミクスセンター,2014. 香川県高松市常磐町1-9-14 2-3-35 アシクロビル1・2階  無断転載禁止