臨床検体のメタゲノム解析・受託について

臨床検体のメタゲノム解析の臨床での活用によって、今までの”培養陰性”・”原因菌不明”という結果に、新しい道を切り開けるかも知れません。

谷口歯科医院・口腔常在微生物叢解析センターでは豊富な臨床検体の解析経験を活かし、病院や診療所などからの依頼にもお答えしています。新たに細菌叢叢解析に取り組んでみたい方はぜひご相談下さい。

・2014年6月にMiSeq導入以来、すでに4000を超える臨床検体の解析を行い、
　細菌叢解析についての豊富な経験を持ちます。
・一度に96検体を超える数の解析にも対応できる設備があります。
　多検体の解析により解析費用を大幅に抑える事ができます。
・唾液、プラーク、糞便、皮膚、鼻腔、涙液などの解析の経験があります。
・大学医学部の付属病院などからの依頼実績も着実に増えています。

臨床検体を受け入れるにあたり・・・

　・倫理的な問題が無いこと。（患者の同意を得ている・倫理委員会等の承認を得ている等）

　・感染性が疑われる検体の場合は、必ずDNAを抽出してからご依頼下さい。（抽出できない場合は要相談）

　・本解析は研究目的の提供であり、診断目的には使用できません。

 

細菌叢解析の実際

細菌叢解析を始めるにあたり、どんな研究がしたいのかご相談下さい。

・サンプルの採取法・保管法
　何を使ってどうやって採取するか、検体はどう保管するか、結果を左右する大切な過程です。
　サンプル採取に必要な器具は、必要数をお分けできますのでご相談下さい。

・DNAの抽出法
　ご経験や検体の種類に応じた最適な方法をご案内します。結果を左右する一番大事なステップです。
　DNAの抽出が困難な場合は、DNA抽出から承ります。(感染性が疑われない検体に限る）
　ただし、微量な検体の場合はDNA抽出が困難な場合があります。貴重な検体の場合はお受けいたしかねる場合があります。

・解析手法
　解析領域（16Sのどの領域をシーケンスするか）
　データ量（必要なデータ量）
　インフォマティクス（シーケンス後の情報処理の手法）

・結果報告・レポート
　どんな菌種がどれくらいの割合生息しているのか一覧表とグラフを標準でお返し致します。
　論文等を参考にして、悪玉菌・善玉菌がどれくらいいるのかを表現したオリジナルのレポートの作成も可能です。（要相談）

　必要がございましたら、シーケンス生データもお送りします。

・解析費用
　菌叢解析は、技術的にも試薬代的にもまだ高価なのが現状です。
　解析費用の目安は1検体1－4万円程度になります。サンプル数、解析の手法・内容によって変わります。
　検体数が多くなりますと1件体当たりの費用は安くなりますが、総額はどうしても高くなります。
　できるだけ抑える方法が無いか、ご相談の上、決定致します。
　例えば、
　　・毎月、数検体ずつご依頼下さるという前提での、解析費用の検討には応じられます。

 

 

サンプルの送付方法

凍結保存し、冷凍便で送付して下さい。
必要なDNA量などはサンプルや実際のDNA収量をもとに、指示させていただきます。

 

お気軽にご相談下さい。

　谷口歯科医院　谷口　誠
　micro@tani8020.jp　087-831-8020　

お問い合わせの際には、どのような検体か、DNA抽出の有無、サンプル数の目安を教えて下さい。