口腔常在微生物叢解析センター マイクロバイオーム細菌叢解析

 

一般の方からのサンプル受付
MetaDentProject

谷口歯科医院

 

 

micro@tani8020.jp
香川県高松市常磐町2-3-35 087-831-8020 

谷口歯科医院の受託解析のご紹介

歯科医院だけど、しっかりと丁寧な作業、かゆいところに手が届く、そんな受託解析を目指します。
病院など医療機関や大学、企業、そして一般の方からもサンプルを受け付けています。

谷口歯科医院の受託・共同研究

細菌叢解析(MiSeqを使用するメタゲノム解析・メタ16S解析)
  院内サンプルと一緒に解析しますので1サンプルから比較的安価な受託解析が可能です。
  唾液・プラーク、糞便等からのDNA抽出もお任せください!!
   詳しくはメタゲノム解析・メタ16S解析の受託を御覧ください。

ナノポアシーケンサーGridIONによるシーケンス
  超ロングリードを特徴とするナノポアシーケンサーを使用してシーケンスデータを取得します。
  16S全長シーケンス、MiSeqのデータと合わせたバクテリアの全ゲノム解析など対応できます。

・ゲノムDNAの抽出

  糞便やプラーク、唾液等からのDNA抽出を実施します。

多検体DNA・RNAの電気泳動の受託
  最大384サンプルのDNA電気泳動が可能。RNA・ゲノムDNAにも対応。
  多検体DNA・RNAの電気泳動にお困りの場合は、ぜひご相談ください!

デジタルPCRの受託解析
  デジタルPCRは、遺伝子のコピー数の絶対定量を可能にします。
  NGSライブラリーの定量、病原体の定量などができます。
  リアルタイムPCRのスタンダードDNAの定量も可能です。

リアルタイムPCRの受託
  主に口腔細菌・歯周病関連細菌の定量を行っています。
   口腔微生物DNAの検出はこちら

MiSeq次世代シークエンスの受託
  ライブラリー調整済みのサンプルの”配列取得のみ”も実施いたします。
  ライブラリー調整が困難な場合もお気軽にご相談ください。
   詳しくはMiseqレンタルラボをご覧下さい。

次世代シークエンス解析の業務提携(他の受託会社さん・バイオベンチャーさんへシーケンスデータの提供など)も行っています。どうぞお気軽にご相談下さい。

Miseqレンタルラボ

当センターの次世代シーケンサーMiSeqおよび周辺機器をラボスペースとして提供しています。

  詳しくはMiseqレンタルラボをご覧下さい。

 

GridION/ナノポアシーケンサー共同研究

超ロングリードの配列取得を可能にしたナノポアシーケンサーGridIONを導入しました。
まだイルミナのシーケンサーと比較すると、塩基の精度が低いのが現状ですが、ロングリードならではの解析が可能です。また品質の高いMiSeqのリードと組み合わせることで、より長くて精度の高い配列取得が可能です。

GridION・メタ16S全長シーケンス
・バクテリアゲノムの決定
・ゲノムの構造変異
・リピート領域の解析

などに応用が可能です。

 

 

  ※ナノポア社の認証を取得できたため2018年6月4日より受託解析を開始します。

実験医学ナノポア ナノポアテクノロジーは日々のアップデートがめまぐるしいのが特徴です。
そのため、受託解析は難しいと考えています。
ライブラリー調整、配列取得、インフォマティクスなど共同研究という形で様々な研究のお手伝いをしたいと考えています。お気軽にご相談ください。

実験医学2018年1月号を参考にしてください。


全ゲノムシーケンス(細菌ゲノム)

バクテリアの全ゲノムシーケンスも実施できます。
ゲノムリシーケンス(300×2、カバレッジは50×) 変異の検出を行います。
  既知のゲノム配列にマッピングし、変異を検出します。
ゲノムde novo アッセンブリ(300×2、カバレッジ60-100×)新規ゲノム解読を行います。    
  ナノポアのロングリードとMiSeqの高精度のリードを合わせたゲノムの決定が可能です。

 

ショットガン・メタゲノム解析

ショットガンメタゲノム・フルメタゲノム解析も実施できます。
シーケンスのデータ量がメタ16S解析よりも必要ですので、割高になります。
メタ16S解析は解析のパイプラインが割と決まっているのに対して、ショットガンの場合はさまざまな解析パイプラインが存在します。プロトコールとともにご相談ください。

 
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