メタゲノム解析について

メタゲノム解析は、今までの方法では検出できなかった細菌を含めて、生息する細菌種をまるごと検出する全く新しいDNAの解析技術です。口内フローラを調べましょうと言われた時に、どの方法で調べるのか、よく確かめてください。

今までの方法とメタゲノム解析

旧来の方法では、口内フローラの数菌種しか把握できませんでした。

	培養… 　これまでの細菌学の研究の主体は、培養法によるものでした。しかし、実は自然界に生息する細菌の50-99%は培養できないと言われています。そのため、培養による研究では見つかっていない未知の細菌種が病気に関係する可能性があります。
	リアルタイムPCR 代表的な数種類の細菌を検出することができます。歯周病菌であれば、Red-complexを含めた４－５種類の細菌の検査に利用されます。しかし、口内フローラのように数百種類の細菌を検出しようとすると、莫大なコストがかかります。
	位相差顕微鏡　顕微鏡で見ると、菌の形や動いている様子を観察できます。しかし、同じような形をしていても違う菌は無数存在します。さらに数百種類の細菌を形だけで判断することは不可能です。また、見えている部分（視野）によって菌の数がぜんぜん違うため、観察者の主観が入りやすいとも言えます。顕微鏡だけで、実際に口内フローラの病原性を評価することは極めて難しいでしょう。

メタゲノム解析なら…

細菌のDNAを丸ごと解析するメタゲノム解析によって、口内フローラの詳細を把握できるようになりました。

	唾液やプラーク、糞便から細菌に由来するDNAを丸ごと抽出します。さらに解析できるようにDNAの形を整えます。
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	次世代シークエンサーを用いて、DNAの塩基配列（遺伝暗号）を大量解読します。
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	塩基配列をもとに専用コンピューターで細菌ゲノムデータベースと照合します。
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	細菌の割合を算出し、レポートを作製します。

少しでも気軽に解析できるように…

メタゲノム解析は、その解析機器・試薬・技術などの問題から、本来は非常に高額な解析費用(一般には5~10万円ほど)が必要となりますが、臨床応用を目指して少しでも解析費用を抑えるように解析プロトコールを見直しました。その結果、解析の品質を落とすことなく、リアルタイムPCR法と同程度の費用で提供できるようになりました。