口腔常在微生物叢解析センターお知らせ・キャンペーン

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全ゲノムシーケンスサービス(微生物、植物、昆虫等)

ナノポアシーケンサーGridiONとイルミナシーケンサーMiSeq、この二つの利点を最大限に利用し、微生物種のゲノムシーケンスサービスを提供しています。解析にあたっては、経験豊富な専門のバイオインフォティシャンと連携しますので、安心してご依頼ください。ご不明な点、ご不安な点などありましたらお気軽にお尋ねください。

新サービススタートアップ&年度末キャンペーンを実施しています。バクテリア全ゲノムシーケンスキャンペーン10万円細菌ゲノムシーケンス 10万円(税別) 2月20日までの申し込み

 細菌ゲノムシーケンス 10万円(税別) 2月20日までの申し込み

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解析メニュー

de novo シーケンス(新規ゲノム)= ナノポア+MiSeq

 新規ゲノムをシーケンスする解析です。 リピート配列に強いロングリード(ナノポア)でゲノムの構造を決定し、精度の高いショートリード(イルミナMiSeq)のシーケンスデータを用いて、ゲノム配列の決定を行います。

 

 

リシーケンシング(変異の検出)= MiSeq or ナノポア

 既存のリファレンスゲノムに対して、シーケンスデータをマッピングすることで、SNPsなどの変異を検出する方法です。精度の高いイルミナシーケンサーMiSeqを使って、精度の高いSNPsの検出が可能です。構造の変異などが知りたい場合は、ナノポアシーケンサーの方が有利な場合がありますので、目的に応じて最適な手法をご提案いたします。

 

受け入れ可能な生物種

 

細菌

古細菌

単離作業済みのサンプルを推奨します。
単離されたものでも、見えない菌が共存していることがあります。
わずかなコンタミネーションであれば 、当センターの解析パイプラインで除去が可能ですが、他の菌株のDNAが多量に存在していると アセンブルがうまくいかない可能性があります。
真菌などゲノムサイズの大きな微生物の コンタミネーションには特にご注意ください!

以下のものはご相談ください

DNAライブラリーの調整やインフォマティクスの難しさが予想されますが、 よりゲノムサイズの大きな生物種でも、ロングリードを使うことで連続性が大幅に改善されたアッセンブルが可能です(ご相談ください)

・真菌

・ウイルス

・植物

・真核藻類

・動物の細胞

・昆虫

・その他、お気軽にご相談ください。

※上記、難しさが予想される検体については、共同研究として一緒に解析に挑戦することも可能です。ぜひご相談ください!

 

E.coliのリアルデータを使ってのアセンブリ結果(解析例)

公共レポジトリのデータ(SRR8182926: illumina  30x  + ナノポアONT 20x )を使い、de novoアッセンブルを行った。

In silicoツールのみでcolsedの環状ゲノムがアセンブリされた。(下図)

デモデータ

 

 

ゲノムシーケンス作業内容(de novoシーケンス)

カバレッジレポート、汚染配列チェックレポート、 クオリティ&トリミングレポートスキャホールド配列 アセンブル完全性及び汚染の有無の評価 スキャホールドのカバレッジ、GC分析ファイル プラスミド予測結果 、genebank形式アノテーションファイル コード領域の塩基配列とアミノ酸配列のファイル 抗生物質耐性遺伝子レポート

 

納品データ

シーケンスの生データ.fastq(MiSeq+ナノポアGridION)

ゲノム配列データ.fasta

遺伝子予測データ(オプションでの実施)

作業内容報告書、ライブラリーQCの結果等

各種レポート

 

ゲノムシーケンス解析の費用

 

新規ゲノムシーケンスの解析費用=細菌=

ナノポア+MiSeqの解析です。(他の生物種の場合はご相談ください)
解析の費用はあくまでも目安です。生物種が変わるとそのゲノムサイズによって必要なデータ量が変わります。
また作業内容、納期などから決定します。ご相談ください。

おいそぎの場合(納期3-4週間)

40万円+税 

お急ぎの場合でも、一度に3検体以上のご依頼であれば、割引します。

特に急がない場合(納期2-3ヶ月程度)

17万円+税

 

スタートアップ・年度末キャンペーン
 2月20日までのお申し込み・検体到着の場合、1検体10万円(税別)で実施します。
 3月末までの納品が可能です。(費用にはDNA抽出、アノテーションは含まれません)

 

 

リシーケンスの解析費用=細菌のSNPs検出=

MiSeqでシーケンスし、SNPsの検出までを行った場合です。(他の生物種の場合はご相談ください)
解析の費用はあくまでも目安です。生物種が変わるとそのゲノムサイズによって必要なデータ量が変わります。
また作業内容、納期などから決定します。ご相談ください。

おいそぎの場合(納期3-4週間)

35万円+税 

お急ぎの場合でも、一度に3検体以上のご依頼であれば、割引します。

特に急がない場合(納期2-3ヶ月程度)

15万円+税

 

スタートアップ・年度末キャンペーン
2月20日までのお申し込み・検体到着の場合、1検体10万円(税別)で実施します。
3月末までの納品が可能です。(費用にはDNA抽出は含まれません)

 

 

 

解析オプション

DNAの抽出(5000円~1万円)

   抽出する細菌種、生物種に最適な方法でDNAを抽出します。
   感染性のある病原菌の場合はお受けできません。

遺伝子予測解析など追加の解析

   オートアノテーション(3万円)

   マニュアルアノテーション(10万円)

   必要な作業がありましたらお気軽にご相談ください。

データベースへの登録作業

   必要な作業がありましたらお気軽にご相談ください。

インフォマティクスを実施せず、生シーケンスデータ(fastq)のみの納品も可能です。

シーケンスのみ。MiSeqのみ、ナノポアのみのシーケンスもお気軽に。

インフォマティクスのみも可能です。(5万円~作業内容による)

   シーケンスデータをご提供ください。(ナノポアのみ、MiSeqのみのシーケンスも可能です)