口腔常在微生物叢解析センター マイクロバイオーム細菌叢解析

 

一般の方からのサンプル受付
MetaDentProject

谷口歯科医院

 

 

micro@tani8020.jp
香川県高松市常磐町2-3-35 087-831-8020 

(1)メタ16S解析・メタゲノム解析の受託

細菌叢解析は、唾液やプラーク等の口腔細菌叢、腸内細菌叢、皮膚や鼻腔、産婦人科領域など様々な分野で注目されている研究手法です。
歯科医院ではありますが、全国の大学・病院・研究室から解析の依頼を受けて、問題なく実施しております。お気軽にご相談ください。

次回、Miseq解析の予定

・V3-V4領域 11月中旬 あいのり可 (11月18日頃サンプル到着締め切り)  
・V3-V4領域 11月下旬 あいのり 未定  

・V4領域 11月中旬ラン あいのり可 (11月9日サンプル到着締め切り) 
・V4領域 11月下旬ラン あいのり可 (11月23日サンプル到着締め切り)

現在、V3-4領域、V4領域を合わせて、月に3-4回のシーケンスを実施しています。
上記の予定になくても、あいのり案件が集まれば、早期のランが可能になります。

谷口歯科医院の細菌叢解析の特徴

Miseqを使用したメタゲノム解析

菌叢解析の次世代シークエンスにおいて定評のあるイルミナ社のMiSeqを使用し、1件体当たり5万-10万リードと十分なリード数を保証します。

解析実績は4000件体以上

当センターは町の普通の歯科医院の施設ではありますが、2014年6月に先駆けてMiSeqを導入以来、細菌叢解析の実績は4000検体を超え、十分なノウハウを蓄積してきました。大学や病院などからのご依頼も増えています。谷口歯科医院のメタゲノム解析の状況もご覧下さい。

あいのり解析で1サンプルから対応

院内の検体と一緒に解析しますので、1サンプルから安価メタゲノム解析をご提供致します。しかし、あいのり解析でも品質に妥協せず、質の高いデータをお返し出来るように取り組んでいます。

あいのり解析でのコダワリ

 あいのり解析は、比較的安価に解析できる手段ですが、その分、品質の低下やコンタミネーションのリスクが高くなります。そのようなことが無いように、下のような最大限の注意を払って作業を行っています。

・案件ごとに新しいフィルターチップ、新しい試薬(PCR酵素や滅菌水等)を使用します。またPCRも他の案件とは完全に独立してセットアップ・実施し、案件間のコンタミネーションのリスクを軽減しています。

・検体数にはかなりの余裕をもってランをしています。本来は1ランで100検体程度のデータ量が得られますが、最大でも40-60検体程度を目安にランすることで、品質の低下を防ぎ、データ量にも余裕をもって解析できます。その分利益は少なくなりますが、品質には変えられません。

様々なプロトコールのカスタマイズが可能

プライマー配列、PCR条件、作業工程の変更などに個別に対応しています(あいのり解析でも)。杓子定規ではない、かゆいところに手が届く受託解析の提供に努めています。

 

全国の大学・病院・研究室から解析の依頼を受けて、問題なく実施しております。お気軽にご相談ください。

 

メタ16S解析の流れ

解析条件
  ・シーケンス領域

   V3-V4領域(250x2PE,300x2PE), V1-V3領域 (300bp x 2 PE)
   V4 (250×2 PE) 等 
   その他の領域にも対応します。

 ・取得リード数
   5万~10万リード/1検体

作業内容

(0)メタゲノムDNAの抽出(オプション)
  濃度測定・ゲノムDNAの電気泳動を行います。
(1)16SrDNAの指定領域をPCR増幅します。(1stPCR)
  電気泳動で増幅を確認します。
  AmpureXPで精製します。
(2)アダプターとインデックス配列を付与します。(ライブラリー)
  電気泳動で確認し、精製します。
  デジタルPCRで定量します。
(3)MiSeqによる次世代シーケンスを実施します。
(4)基本的なインフォマティクスを実施します。

 

受け入れサンプル

ゲノムDNA(抽出・精製済み) DNA量の目安:5ng/ul x 20ul 以上
(収量が極めて少なくても、解析できる場合があります。諦めずにご相談下さい。)

1stPCR済みのサンプルであれば、解析費用は少し安くなります。
精製(AmpureXP精製)したものをお送り下さい。
電気泳動で確認し、(2)ライブラリー作製から行います。

納品データ 標準で以下のものを納品致します。

・作業報告書
・MSRによる細菌叢データ(PDFとCSV)
・塩基配列データ(Fastq)
・塩基配列の品質データ
・PCR産物の電気泳動結果(PDF)
・門~属・種レベルの菌叢構成結果(Excel)
・QiimeによるHeatmapや多変量解析の結果

 ~納品データの一例~ 解析内容により異なります。

納品データの一例 ご依頼内容により異なります。

 

解析費用
    費用は、1stPCRからインフォマティクスまでの目安(税別)です。

あいのり解析の場合(谷口歯科医院のサンプルと同時に解析します)
   ご依頼検体のみで作業を行いますので、プライマーやプロトコールの指定が可能です。

1stPCR~情報解析(BLASTやQiime)までの目安は4-5万円です。
・サンプル数が多くなると、1検体あたりの解析費は下がります。(1~3万円)

単独解析の場合(ご依頼サンプルのみで解析を実施します。)

検体数や解析内容などにより異なりますが、1検体1~2万円が目安になります。
最大で60~100検体程度までは一度に解析できます。

   定期解析の場合(定期的に数検体ずつご依頼下さる場合)
     年間の想定依頼数をもとに、1検体の解析費用を算出します

歯科医院向けメタゲノム解析(MetaDentProjectに参加の場合)
   歯科臨床で菌叢解析を活用し、歯科臨床を変えていくことを目指す”MetaDentProject”
   歯科からの菌叢解析はProject内で共同解析を実施しています。
   詳しくはMetaDentProject共同解析まで

納期

2-3週間程度。最短で1週間程度。
状況や解析内容によりますが、可能な限り最短の日数でお返し致します。
あいのり解析でもできるだけ早くお返しします。

DNA抽出(オプション)

・唾液やプラーク、糞便、皮膚などからのDNA抽出に対応しています。

インフォマティクス

・ リードの結合やフィルタリング、キメラ除去を実施します。
・標準的なパイプラインを使用して、門~属・種のレベルで結果をお返しします。
・Qiimeによる多変量解析(PCoA解析)まで実施します。
・16Sデータからの機能予測解析、クラスター解析等、実施可能です。ご相談下さい。

より高度な解析の場合は、バイオインフォマティクスの専門家と連携して対応します。(応相談)

 

ライブラリー調整は自分でできるという方は・・・
◎次世代シークエンスのみの受託(配列取得のみ)

次世代シークエンシングのみの受託

ライブラリー調整済みサンプルの、シークエンシング(配列取得)のみを実施。
20~40万円程度。(使用Miseq試薬を支給頂ける場合は、5~10万円)
納期:1-2週間(試薬・カートリッジの在庫がある場合)

    詳しくは、Miseqレンタルラボをご覧ください。

V3-4領域、V4領域 ”あいのり”シーケンスも受付開始!
   最大で300万~500万リードほどを目安にシーケンスします。
   あいのりでのシーケンスの場合はデータ量にかなりの余裕をもってシーケンスしています。(合計の検体数が40-60検体程度が目安)。詰め込めば詰め込むほど、利益にはなりますが、その分、品質の低下の原因になったり、検体間のリード数のバラツキが大きくなってしまいます。 

  またあいのりでのシーケンスは一度に1案件までとしています。


DNA電気泳動 ・DNA濃度測定

質の高いデータを得るために、LabChip GX Touch HT(パーキンエルマー社)Qubit2.0(サーモフィッシャー社)デジタルPCRを使用し、ゲノムDNA、PCR増幅産物、ライブラリー等のチェックをステップ毎に行っています。

デジタルPCR導入 QubitによるDNAの定量  labChip

こちらの装置のみを利用・解析依頼したい方もお気軽にどうぞ!

 

注意事項

メタ16S解析は解析プロトコールによって大きく結果が異なって参ります(※)。

あいのり解析においても、ご依頼いただいた検体のみを独立して作業を進めます。
そのため、あいのり解析でもプロトコールの変更が可能です。

プライマー配列、PCR酵素・反応条件、データ解析のパイプライン・パラメータなど、ご指定ください。

※メタ16S解析は、シーケンス領域、プライマー配列、PCR条件(酵素の種類など)、データ解析手法、参照データベース・パラメータなどを変えると結果が変わってしまいます。他の論文と比較したり、より有効にデータを活用するためには、できるだけ同一条件での解析が必要です。

学会発表等

イルミナウェビナー 2017年8月4日
歯界展望2016年5月号~ 連載中
「口腔細菌叢のメタゲノム解析」
ゲノム微生物学会2016年 ポスター発表
イルミナ西日本ユーザーミーティング ライトニングトーク
日本歯内療法学会2015年 ポスター発表
NGS現場の会2015年  ポスター発表
口腔検査学会2015年 ポスター発表 (優秀発表賞受賞)
歯界展望2015年11月号
「特集 口腔細菌叢のメタゲノム解析~臨床応用と可能性~」
日本歯科新聞 2014年12月

講演履歴 岡山大学・松本歯科大学・鶴見大学・イルミナウェビナー
     その他、スタディクラブ、研究会での講演

お問い合わせ先・サンプル送付先

谷口歯科医院 谷口 誠
〒760-0054 香川県高松市常磐町1-9-14 
087-831-8020  micro@tani8020.jp  
日中は診療していますので、すぐに対応できない場合がございますが、お気軽にご相談下さい。
また診療中は頭がすぐに切り替わらないことがあります。ご了承願います。

 

(C)谷口歯科医院・口腔常在微生物叢解析センター・クリニカルメタゲノミクスセンター,2014. 香川県高松市常磐町1-9-14 2-3-35 アシクロビル1・2階  無断転載禁止