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メタ16S全長シーケンス受託サービス

ロングリードシークエンサーで16SrDNAの全長をシークエンスすることで、いままでの種レベルの評価が難しかった細菌種を評価できるようになりました!!MiseqとGridIONの両方を所有し、目的に合わせて最適な解析手法をご提案いたします!

イルミナシーケンサーMiSeqとナノポアシーケンサーGridION

16S全長シーケンスの模式図

 

最長で600bp弱程度のシーケンスが可能なMiSeqでは、V3-V4領域やV4領域などの一部の領域をシーケンスしていました。短い領域では、他の細菌種と区別できないこともあり、種レベルの評価が難しく、時に属レベルの解析となっていました。(下図のようにScoreやIdentityが同点でヒットした場合、種の区別ができない。)

 Bucillus属細菌のBlast結果

ロングリードのシーケンスを可能にしたNanoporeテクノロジーは、16Sの全長をシーケンスすることが可能となり、種レベルでの評価ができるようになりました。(ただし、まだまだエラー率が高く、区別が難しい種もあります)

 

MiSeqとGridIONとでは一長一短があります。

●シーケンスの正確性を重視し、希少種をしっかり評価したい → MiSeq
 ただし種レベルの評価が難しい場合がある、既報の論文が多く、二次解析のツールも揃っている。

 

  はじめての細菌叢解析の場合は、MiSeqによるV3-V4領域の解析をお勧めします。

 

■細菌叢全体の傾向を迅速に把握、種レベルの正確性を重視 → GridION
 ただし、ナノポアシーケンサーはエラー率が若干高いため、種によっては区別が難しい場合があります。

 また解析手法がまだ確立できておらず、二次解析が難しい場合がある。 

 

MiSeqとNanoporeシーケンサとのデータの比較

MiSeqとナノポアとの細菌叢解析の比較

 

解析原理・手法の違い、データベースの違いにより、菌種名の違いなどはありますが、全体的には同じような傾向のデータが得られていています。

 

注意事項

ナノポアシーケンサーは以前に比べるとシーケンスの精度が大幅に向上してはいますが、イルミナシーケンサー(MiSeq)に比べるとまだ低いのが現状です。
そのため、現時点では、希少種(割合の少ない種)はシーケンスのエラー(ノイズ)かどうかの判定が難しい可能性があります。ご依頼者様の責任において結果をご利用ください。はじめての細菌叢解析の場合はMiSeqをお勧めします。

 

解析費用と納期

抽出済みDNAからライブラリー調整、シーケンス、種レベルの解析までの費用の目安(税別)

12検体・・・30万円  24検体・・・50万円、 24~96検体以上はご相談ください。

総データ量:100万~500万リード 程度 で応相談。
納期:1~2週間程度

 

DNA抽出(オプション)

1検体あたり3000-5000円(抽出プロトコールによる)で実施します。

詳しくはこちらのページをご覧ください

 

納品物

 ・作業内容報告書

 ・シーケンスの生データ

 ・相同性検索の結果

 ・門~種レベルの細菌組成テーブル

 

 

コロニーダイレクトシーケンスサービス

最大で960サンプルのコロニーシーケンスを実施します。サンガー法だと、完全に分離できていないとシーケンス結果が得られませんでしたが、完全に分離できていないコロニーからでもシーケンスが可能です。

詳しくはこちらをご覧ください。

 

注意事項

作業には細心の注意を払ってあたりますが、試薬や消耗品等に起因する避けられないコンタミが生じる可能性があります。

DNA量が少ない場合、解析が難しいことがあります。また、コンタミネーションの影響を強く受ける可能性があります。

MiSeqに対して、Nanoporeでの16S解析はまだ解析手法が確立されておらず、今後の進展により大きく変わる可能性があります。

特に稀少・貴重な検体の場合は、作業のリスクについて同意をいただいた上でご依頼ください。

本サービスは研究用です。臨床診断の用途には用いられません。

感染性が疑われる検体はお受けできません。